L-Arginina, zwłaszcza postać HCL, zmniejsza lepkość płytek krwi, o czym należy pamiętać stosując leki przeciwzakrzepowe (acenocumarol). Ewentualną suplementację należy skonsultować z lekarzem.
L-arginina nie powinna być podawana w krótkim okresie czasu po ostrym zawale mięśnia sercowego. Skutkiem ubocznym może być zaostrzenie stanu chorego, choć niektórzy badacze tematu stwierdzili coś wręcz przeciwnego. Badania nie potwierdziły również skutków ubocznych u osób, które przebyły atak serca dawno – od kilku tygodni wstecz.
Niektóre źródła podają, że suplementacji argininą nie powinny stosować osoby ze skłonnością do opryszczki.
L-argininy bez konsultacji lekarskiej nie powinny stosować kobiety w ciąży, karmiące piersią, oraz osoby cierpiące na schizofrenię.
Argininy nie mogą bez konsultacji lekarskiej używać osoby ze stwierdzoną chorobą nowotworową. Dawki poniżej 6 gramów czystej argininy na dobę nie są brane pod uwagę jako potencjalny problem dla osób z rakiem, jednak ze względów ostrożnościowych użycie aminokwasu przy obecności jakiegokolwiek raka jest przeciwwskazane bez pozwolenia lekarskiego.
Badania naukowe wstępnie dowodzą, że wyższy poziom argininy może, w zależności od rodzaju zmian nowotworowych, sprzyjać bądź hamować rozwój choroby.
Nie należy przyjmować argininy z lizyną, gdyż te dwa aminokwasy rywalizują ze sobą.
Suplement diety nie może być stosowany stale jako substytut zróżnicowanej diety.
Jak dotychczas nie stwierdzono ujemnych interakcji argininy z alkoholem. Wydaje się więc, że stosowanie jej u osób spożywających alkohol jest bezpieczne.